一种高通量RNA结构测定方法

《自然—方法学》近日刊文，描述了一种高通量RNA结构测定方法——“片段化测序”法（Fragmentation sequencing ，FragSeq）。

RNA对基因表达和基因组稳定性的调控作用成为近来研究的热点，而弄清RNA二级结构是理解RNA功能的*个必要步骤。测定非编码RNA结构的经典方法是化学法和酶法，但是它们一次只能测定一个RNA分子，这种方法不仅费力而且对技术要求高。FragSeq法却可以在整个转录组水平同时对大量RNA进行结构测定。
该研究利用核酸酶P1将小鼠RNA进行片段化，得到20–100-nt 大小片段；之后在片段的5"-PO4和3"-OH端分别加上接头，通过逆转录和PCR扩增之后，构建FragSeq文库并对其进行深测序。为了保证文库片段均是由核酸酶P1剪切产生，萨拉马等设置了两个对照组：一组RNA不使用核酸酶P1处理来估算由内源降解产生5"-PO4基团的片段数，另一组则多加了T4连接酶处理RNA，以此来计算不产生5"-PO4基团的片段数。通过凝胶电泳分离出目标片段。zui后萨拉马等利用一种软件，可以将大量测序结果格式化，使其能够被一种RNA预测软件读取，进而预测出RNA二级结构。

相关研究由美国加州大学圣克鲁兹分校霍华德·休斯医学研究院教授索菲·萨拉马（Sofie Salama）所领导的课题组完成。