凋亡试剂盒的细胞凋亡过程中可观察到系列形态学特征和生化特征。早期凋亡信号的效应产生于胞内，此时细胞膜保持完整。目前已有几种方法以检测凋亡细胞胞内的多种效应，包括：DNA段的检测、膜对称性的变化、caspases激活、以及细胞死亡相关蛋白水平的变化等。多数检测使用的底物和Marker适用于绝大多数种类的哺乳动物。
 

　　凋亡细胞染色体DNA以核小体为单位的切割导致细胞不可逆死亡。可以采用NucleosomeELISA，对产生的单体及寡聚核DNA段进行定量。核小体的DNA成分被捕获于酶标板上，使用标记的抗组蛋白抗体检测捕获的核小体数量。组蛋白-DNA段的量反应了一个特定样品中死亡及濒临死亡的细胞的量。
 

　　DNA段也可通过片段末端标记进行原位检测，MERCK提供基于TUNEL方法的试剂盒。DNA段末端标记可通过荧光染料或比色底物方法进行检测。另外，细胞形态的变化如胞膜皱摺或出泡、核染色质致密、胞质浓缩等，都可作为细胞凋亡的证据。采用荧光染料进行末端标记的可用流式细胞技术进行定量，其光散射变化也可支持由单一参数得出的结论。DNA段可以从凋亡细胞中分离并使用琼脂糖电泳进行分析。约180bp的多倍寡核小体片段在电泳上呈典型的梯状条带，可进一步证实凋亡的存在。若使用PelletPaintCo-Precipitant，只需室温操作，两分钟即帮助DNA沉淀更快捷方便。
 

　　线粒体膜电位和膜通透性的变化也是凋亡细胞一个重要特点。凋亡细胞另一个生化特征是细胞膜内侧的磷脂酰*从胞质转至胞外。膜联蛋白中的AnnexinⅤ，是一种磷脂结合蛋白，与磷脂酰有强亲和力。通过使用AnnexinⅤ-FITC(PF032)或AnnexinⅤ-BiotinApoptosisDetectionKit，及RAPIDTM方法进行凋亡细胞早期检测。可使用流式细胞仪或荧光显微镜监测。同时使用PI，根据细胞膜的通透性区分早期凋亡细胞和坏死细胞。
 

　　凋亡试剂盒的凋亡过程中细胞核同样发生了结构变化。接收到凋亡信号后,核基质蛋白(NMPs)释放。NMP的释放与细胞死亡相，MERCK的CellDeathDetection(NMP)ELISA可定量检测细胞培养上清中的NMP水平变化。此种检测方法优于其它方法的原因在于可以直接检测组织培养基中NMPs的水平，而不需细胞总裂解物，从而避免了细胞计数和样品准备等操作。除了结构变化，凋亡细胞*水平会降低，可通过GlutathioneApoptosisAssayKit进行检测。